Na území obce bolo osídlenie už v neolite. V eneolite tu bolo sídlisko s kanelovanou keramikou. V dobe bronzovej stála v Budmerickom chotári opevnená osada, ktorá bola kultúrnym, remeselným a ekonomickým centrom v tejto oblasti. V katastri bolo aj popolnicové pohrebisko lužickej kultúry, sídlisko velatickej kultúry z mladšej doby bronzovej a laténske sídlisko.
Názov obce prešiel viacerými zmenami. Z roku 1335 sa zachovala listina ostrihomského arcibiskupa Čanáda, ktorou potvrdil výmenu majetkov medzi jeho osobou a ostrihomským kanonikom – kustódom Jánom, ktorý daroval arcibiskupovi svoje dve dediny v Novohradskej župe, za čo od arcibiskupa dostal kvarty inak nazývané aj „kaplnky“ a ich filiálky (quartam seu capellam) v štyridsiatich deviatich dedinách prevažne na území Bratislavského archidiakonátu. Jednou z nich sú Budmerice uvedené ako Podmorch.
Ďalšia dochovaná zmienka spomína de Pudmurich ako názov farnosti v roku 1390. Ide o listinu Leonarda z Pesaria, ostrihomského vikára z 13. mája 1390, v ktorej sa sťažoval na bratislavského prepošta Vavrinca, farárov a rektorov cirkví patriacich do právomoci bratislavského prepoštstva, že sväté oleje a krizmu žiadajú a dostávajú od bratislavského prepošta, čím nerešpektujú svoju vlastnú ostrihomskú cirkev.
Budmerický kostol je zasvätený Sv. Krížu a kríž je aj v erbe obce.
Obec sa vraj nazývala aj Budimír podľa prvého starostu obce Budmera – Budimíra, poslaného z Bratilavskej župy v 11. storočí za čias Uhorského kráľa Štefana I. Svätého. Priamo z intravilánu Budmeríc doteraz absentujú archeologické nálezy staršie ako z 12.–13. storočia. Budmerice sa pravdepodobne vyvinuli ako novšie sídlo len niekedy v 12. storočí, a to na staršom sídliskovom komplexe so starým slovenským názvom Fončol. Súčasný názov obce Budmerice sa používa až od roku 1945 o názve Budimír je preto prípustné polemizovať.
V zoznamoch prepoštských farností v roku 1397 sa už spomína fara Pudmeritz a v roku 1516 fara Pwdmerycz.
V rokoch 1528 – 1532, keď sa majiteľom Červenokamenského panstva stal lúpežný šľachtic Ladislav Moro, obec na čas zanikla. Podobne ako aj stredoveká obec Fančal, ktorá ležala v súčasnom katastri obce. Našu obec sa podarilo osídliť až medzi rokmi 1543 – 1583, v čase keď Červenokamenské panstvo patrilo Fuggerovcom. V roku 1543 mala 35 a v roku 1583 mala 78 poddanských rodín.
Erb obce Budmerice vznikol v roku 1561. Tvorí ho renesančný štít, v ktorom na zelenom trojvrší stojí latinský kríž a na ňom sú zavesené dva korbáče.
Wolfgangus Lazius (1514–1565) sa uvádza ako autor mapy AVSTRIA ARCHIDVCATVS. Na tejto mape sa nachádza obec Budmaric. 
V roku 1773 sa obec spomína ako Pudmeritz, 1786 Pudmericz, 1808 aj ako Pudměřice a Podmerice, 1863 Pudmeric, 1910 Gidrafa, 1920 Pudmerice a 1948 Budmerice.
Okrem bežného poľnohospodárstva sa obyvatelia Budmeríc zaoberali vinohradníctvom a povozníctvom.
V 16. storočí dali páni Červeného kameňa vybudovať pri Budmericiach rozsiahle rybníky a niektoré sa zachovali dodnes.
Kostol sv. Kríža potvrdzuje vizitácia z roku 1634.
V 17. storočí sa začalo v Budmericiach vzmáhať hrnčiarstvo, mlynárstvo a povozníctvo. Z početných mlynov sa zachoval dodnes Silnický mlyn, ktorý po rekonštrukcii a renovácii slúžil ako stredisko pre vzdelávanie. Hrnčiari mali v Budmericiach aj svoj vlastný cech.
V roku 1773 sa obec spomína ako Pudmericz, Pudmeritz.
V roku 1705 sa odohrala pri Budmericiach krvavá bitka medzi povstaleckým vojskom Františka Rákoczyho II. a cisárskym vojskom pod vedením palatína Grófa Jána Palfyho pri ktorej boli Budmerice vypálené. Popolom ľahol aj takmer celý kostol.
V roku 1715 mala obec mlyn, vinice a 50 daňovníkov, v roku 1720 mala obec 3 mlyny, v roku 1828 mala 148 domov a 1076 obyvateľov.
V roku 1786 sa Budmerice spomínajú ako Pudmericz, 1808 Pudmericz, Pudměřice, Podmerice, 1863–1907 Pudmeric, 1913 Gidrafa, 1920–1948 Pudmerice.
Katolícky kostol v Budmericiach bol pôvodne postavený v gotickom slohu. V rokoch 1735-1736 sa robila generálna prestavba a nový kostol postavený v románskom štýle. Na Budmerickom cintoríne stojí kaplnka Sedembolestnej p. Márie, ktorú dal vybudovať Rodolf I. Palffy a socha na hlavnom oltári je taktiež od dcér grófky Palffyovej.
V r. 1888 dal gróf Ján Palffy postaviť v Budmericiach kaštieľ a v parku okolo neho vysadiť tridsaťdva druhov exotických rastlín. Neďaleko parku dal postaviť horáreň s ohradami pre líšky či srny, maštale a voliéry pre vtáctvo.
V roku 1899 bolo v obci založené úverové družstvo. Za I. ČSR boli obyvatelia roľníci a poľnohospodárski robotníci na miestnom veľkostatku. Do roku 1935 tu bola škrobáreň, do roku 1946 tehelňa.
Terajší názov Budmerice nesie obec až od roku 1948.
V r. 1949 vzniklo v Budmericiach poľnohospodárske družstvo J.R.D. Budmerice.
Z Budmeríc pochádza niekoľko významných osobností. Narodil sa tu Juraj Holček, básnik Rudolf Fábry, aj historik Ján Tibenský, ktorý o Budmericiach napísal rozsiahle dielo.